A organização e o funcionamento da Faculdade Goianira estão dispostos nos seus normativos: Estatuto e Regimento Geral. A estrutura organizacional e acadêmico-administrativa é composta por órgãos colegiados, executivos e de representação, em dois níveis hierárquicos.
Administração superior, composto dos seguintes órgãos:
- Conselho Universitário – CONSU;
- Diretoria;
- Conselho de Ensino Pesquisa e Extensão – CONSEPE.
Administração básica, composto dos seguintes órgãos:
- Colegiado de Curso;
- Coordenação de curso.